2005年執教德國國家隊的克林斯曼。
退役後，克林斯曼舉家在美國加州生活，並為大聯盟球隊洛杉磯銀河擔任市場策劃工作，並未執教任何球隊。
2004年7月26日，克林斯曼接替禾拉出任德國國家足球隊領隊。此決定頗受球迷及評論家質疑，因為在當時，克林斯曼並沒有執教任何球隊的經驗。克林斯曼在上任後，隨即大幅更換助教團，大量徵召年輕球員進入國家隊，同時淘汰了許多功勛卓著的老將。克林斯曼在戰術上的安排十分大膽，例如在後防線大量使用默特萨克和拉姆等新秀，又將德國傳統的整體控制型足球改為兩翼突擊的主攻策略，大力提倡“攻擊足球”（Attacking football），給許多球迷留下了深刻的印象。結果在2005年洲際國家盃中德國雖勇奪季軍，但其中以4比3分別險勝澳洲和墨西哥的比賽都十分驚險，又以2-3敗給巴西，球隊5場入15球失11球，入球和失球之多均令人驚訝。在其後的2006年一場熱身賽中以1-4負於意大利，使克林斯曼的戰術又受到了懷疑。
除此之外，克林斯曼的用人作風亦十分獨特，例如在門將人選上遲遲不確定主力人選，讓莱曼和卡恩採取輪流上陣的制度。此外，克林斯曼也採取鐵腕治軍的策略，如利華古遜後防老將沃恩斯便因為批抨其戰術而被逐出國家隊。其間，克林斯曼又提出要引進曲棍球技術來訓練球員，被德國足總多名領導人物如贝肯鲍尔譏諷為大笑話。所以克林斯曼與德國足總高層的關係並不好，碧根鮑華更聲言倘克林斯曼不能帶領國家隊打入四強，便必須辭職。
然而，克林斯曼大力提拔年輕人的策略取得了成功，德國隊的平均年齡大大下降，遠低於擁有卡福、罗伯托·卡洛斯的巴西和擁有马克莱莱、齐达内的法國等隊。2006年德國世界盃上，克林斯曼帶領賽前並不被看好的德國隊一路過關斬將，擊敗瑞典（註：上次擊敗瑞典的時間為1992上半年）、阿根廷（上次為1990下半年）等強隊，僅於四強戰中負於意大利，奪得大賽季軍。然而，他最後決定與意大利冠軍教練里皮一同離任，結束了兩年的國家隊執教生涯。
世界盃後，克林斯曼受到了多家大球會和歐美其他國家隊的邀請，請他出任主帥，包括車路士、英格蘭、美國國家隊及熱刺等。然而，2007年12月11日，德甲班霸拜仁慕尼黑宣布，克林斯曼將在2007-08球季結束後接替離任的希斯菲尔德出任教練一職。克林斯曼上任後拜仁表現反覆，從未能上聯賽榜首，更先後在德國盃及歐聯出局，其中在歐聯八強被巴塞隆拿技術性擊倒後，克林斯曼的帥位已岌岌可危；2009年4月26日在主場0-1負於沙爾克04後，忍無可忍的拜仁董事會在聯賽尚餘5輪，於4月27日辭退克林斯曼[2]。2010年最後一季，克林斯曼獲委任為加拿大多倫多足球會顧問一職。 2011年7月29日，移民美國的他接受美國足總任命，接替被辭退的巴特利成為美國國家隊領隊。克林斯曼於2016年11月，因成績不佳，被美國足總辭退，由艾雲拿接任[3]。
2023年2月27日，克林斯曼被宣佈為韓國國家男子足球隊主教練，接替保羅·本托。[4]
克林斯曼帶隊出戰2023年亞洲盃，韓國在小組賽只取得一勝兩和的成績，僅以小組次名出線十六強賽。十六強賽韓國在補時階段追平沙地阿拉伯1-1，在加時再無紀錄後，在互射十二碼淘汰對手晉級半準決賽面對澳洲，再次在補時階段追平對手，接著在加時反勝2-1晉級四強，但最後在準決賽以0-2不敵約旦出局。
2024年2月16日，南韓足總宣布辭退克林斯曼。
領隊生涯數據統計
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最近更新：2013年9月6日
球隊
從
至
类型
統計
場次
勝
和
負
勝率
德國
2004
2006
熱身賽
22
12
6
4
54.55%
正式比賽
12
8
2
2
57.14%
總計
34
20
8
6
55.55%
拜仁慕尼黑
2008
2009
德甲
29
16
6
7
55.17%
德國足協盃
4
3
0
1
75.00%
歐洲賽事
10
6
3
1
60.00%
總計
43
25
9
9
58.14%
美國
2011
現在
熱身賽
0
0
0
0
0%
正式比賽
0
0
0
0
0%
總計
38
24
6
8
63.16%
生涯
總計
115
69
23
23
60.00%